Thèse soutenue publiquement le 14 décembre 2020 devant le jury composé de : Mme Corinne BURÉ, Ingénieure de recherche CNRS, Université de Bordeaux - Rapporteure M Jean-Marc BERJEAUD, Professeur des Universités, Université de Poitiers - Rapporteur M Olivier LAPREVOTE, Professeur des Universités, Université Paris Descartes - Examinateur M Thierry JOUENNE, Directeur de Recherche CNRS, Université de Rouen Normandie - Examinateur, Président du Jury M Stéphane ALEXANDRE, Chargé de recherche CNRS, Université de Rouen Normandie - Directeur de thèse Mme Corinne LOUTELIER-BOURHIS, Maître de conférences, Université de Rouen Normandie - Codirecteur de thèse
Résumé: Pseudomonas aeruginosa est une bactérie très pathogène pour les patients atteints de la mucoviscidose. De plus, certaines souches sont multi-résistante aux antibiotiques. Peu d’antibiotiques actuels ciblent ses lipides membranaires, alors qu’il s’agit d’une barrière de protection très efficace pour P. aeruginosa. L’objectif de cette thèse est de mettre au point une méthodologie permettant l’analyse du lipidome de souches de P. aeruginosa isolées de patients atteint de la mucoviscidose. Dans un premier temps, les méthodes d’analyse ont été développées et appliquées sur la souche de laboratoire P. aeruginosa PAK, nous permettant i) d’établir le lipidome de référence par LC-MS, ii) de déterminer les sections efficaces de collision (descripteurs physiques) des lipides de PAK par spectrométrie de mobilité ionique et iii) de mettre au point un milieu de culture (SCFM-PC) mimant le mucus pulmonaire et compatible avec l’extraction des lipides. Dans un second temps, nous avons travaillé sur 5 isolats d’une souche de P. aeruginosa prélevés sur un patient atteint de la mucoviscidose et souffrant d’une infection pulmonaire chronique (3 isolats en 2008 et 2 en 2018). Une première étude LC-MS non-ciblée n’a pas permis de déterminer les lipides discriminants de chaque isolat, mais a permis de sélectionner deux isolats différentiés pour 2008 et 2018, respectivement. Une seconde étude par analyse LC-MS non-ciblée, sur ces deux isolats, a permis de souligner la présence de deux classes de phospholipides non identifiées chez PAK et de mettre en évidence, par semi-quantification, une répartition différente des phospholipides selon l'isolat clinique. Ces méthodologies et résultats constituent une première étape pour une étude clinique sur une large cohorte de patients.   Version de la thèse validée par le jury sur tel.archives-ouvertes.fr

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