Thèse soutenue publiquement le 30/05/2016 devant le jury composé de M. Patrick DI MARTINO, Professeur des universités, Université de Cergy-Pontoise, Rapporteur M. Lhousseine TOUQUI, Directeur de recherche, Institut Pasteur Paris, Rapporteur M. Alain DUFOUR, Professeur des universités, Université de Bretagne Sud, Examinateur M. Thierry JOUENNE, Directeur de recherche CNRS, Université de Rouen, Examinateur M. Stéphane ALEXANDRE, Chargé de recherche CNRS, Université de Rouen, Directeur de thèse
Résumé La formation des biofilms par Pseudomonas aeruginosa représente un problème majeur de santé public. A ce jour, la plupart des études concernait les biofilms formés à l’interface solideliquide (S-L). Cependant, très peu d'études se sont intéressées aux biofilms à l’interface air-liquide (pellicule). L’objectif de ce travail de thèse était de caractériser, par approches protéomiques et lipidomiques le mode de développement en pellicule chez P. Aeruginosa PA14. Dans un premier temps, nous avons caractérisé le protéome de P. Aeruginosa en pellicule et l’avons comparé à celui de cette bactérie cultivée en biofilm S-L et en planctonique. Nous avons mis en évidence la dépendance du protéome bactérien au mode de croissance et à la nature de l’interface colonisée. La croissance en pellicule favorise la sur-régulation de plusieurs facteurs de virulence, tandis que l'adaptation et la protection contre les conditions environnementales défavorables caractérise les bactéries cultivées en biofilm S-L. Dans un second temps, nous avons montré qu’en présence de tris(hydroxyméthyl)aminométhane (Tris), P. Aeruginosa est capable de synthétiser de nouveaux types de phospholipides dans lesquels le Tris est la fonction alcool du glycérophospholipide. La complexité de cette nouvelle composition phospholipidique diminue la résistance bactérienne envers l’action de plusieurs antibiotiques. Nous avons également montré la production de glucosaminylphosphatidylglycerol par P. Aeruginosa. Enfin, nous avons montré une altération de la composition en phospholipides lors du passage du mode de vie planctonique au mode de vie pellicule, composition qui est dépendante de l’âge du biofilm.

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