Allocation de thèse régionale – Laboratoire PBS et COBRA de l’université de Rouen – Recrutement effectué

« Lipidome de bactéries responsables d’infections chroniques : Cellules « Persisters » et biofilms »

L’objectif de cette thèse est d’étudier le lipidome de bactéries responsables d’infections chroniques. Nous nous intéresserons plus particulièrement à deux bactéries que l’Organisation mondiale de la Santé a classées dans le groupe des pathogènes bactériens pour lequel il est urgent de développer de nouveaux traitements thérapeutiques : Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter baumannii. P. aeruginosa est responsable d’infections pulmonaires chroniques, notamment chez des patients atteints de mucoviscidose. A. baumannii est, quant à elle, un pathogène nosocomial pouvant être responsable d’infections pulmonaires, urinaires ou des plaies, infections qui peuvent devenir chroniques. Nous étudierons les modifications du lipidome de souches cliniques de ces bactéries dans différents états physiologiques (biofilm, pellicule, planctonique) et, en particulier, les modifications que pourraient présentées les cellules « persisters ».

Dans un premier temps, nous nous intéresserons à l’analyse du lipidome de cellules « persisters ». En raison de la faible quantité de matériel, une analyse par spectrométrie de masse sous ionisation laser assistée par matrice (MALDI-MS) est envisagée. Alternativement, nous testerons des extractions avec divers solvants pour une analyse non ciblée en couplage chromatographie liquide –spectrométrie de masse sous ionisation electrospray (LC-ESI-MS(/MS). Cette première étude nous permettra également de valider des techniques d’analyse de lipidome sur de petites quantités de cellules.

Dans un second temps, nous comparerons le lipidome de souches cliniques de P. aeruginosa et A. baumannii cultivées de façon planctonique et sessile. Les extraits lipidiques seront analysés par LC-MS selon une méthode bien maîtrisée par nos équipes.

L’ensemble de ces études permettra d’établir les lipidomes des pathogènes A. baumannii et P. aeruginosa dans des conditions physiologiques proches de celles rencontrées au cours des infections chroniques. Elles seront l’occasion de mettre là aussi en évidence de nouveaux lipides pouvant être ciblés ultérieurement par de futurs agents membranolytiques.

Ce projet sera mené en collaboration entre l’équipe BRICS (Biofilms, Résistance, Interactions Cellules-Surfaces) du laboratoire PBS et le groupe de « Spectrométrie de masse » du laboratoire COBRA (équipe Analyse et Modélisation). Co-encadrants : Stéphane Alexandre (PBS) / Corinne Loutelier (COBRA)

Profil recherché : Un microbiologiste ouvert à des techniques d’analyses physico-chimiques – Un analyste en spectrométrie de masse voulant acquérir des compétences en microbiologie.

Le recrutement sur ce projet est maintenant terminé (ouvert à candidature (mars 2021) pour une prise de fonction en octobre 2021).

Pièces à fournir (par e-mail : stephane.alexandre@univ-rouen.fr et corinne.loutelier@univ-rouen.fr) :

CV, lettre de motivation, Notes de M1/M2 (et/ou 2ème et 3ème année d’école d’ingénieurs), Deux lettres de recommandation ou contacts susceptibles d’en fournir.

 

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